生态与环境科学研究所成立于2004年，是南昌工程学院校级研究所，所长为樊后保副校长。研究所主要研究方向有土壤生态与水土保持、植被生态与恢复、坡地侵蚀与流域治理，其中水土保持与荒漠化防治1996年被确定为水利部重点学科，2009年被批准为江西省特色专业，是江西省“十一五”、“十二五”重点学科。“生态学”还被定为南昌工程学院6大重点建设学科之一。

研究所采取选送（培训、学习）和引进相结合的办法着力打造一支高学历、高素质的研究队伍，为教师到国内一流大学进修、出国进修、参加国际会议开辟渠道。通过近10年努力，团队力量不断壮大，现有11位成员，其中教授2人，副教授5人，拥有博士学位9人，具有海外留学背景博士3人，培养了3名博士。形成了一支结构合理、治学严谨、团结向上、充满活力的学术梯队。

2005年，研究所成员为主的团队申报了江西省高等学校土壤与植物生态重点实验室并获准成立，在2010年的检查评估中以“优秀”的成绩获得继续资助。

研究所成员积极申报各类科技项目。自2006年研究所所长樊后保获得了南昌工程学院第1项国家自然科学基金后，研究所成员陆续获得了7项国家自然科学基金，1项水利部公益性行业科研专项和省部级项目15项；获得省级科技一等奖1项、三等奖2项；发表论文115篇，其中SCI收录16篇，中文核心期刊82篇。

研究所重视学科实验室建设，为科学研究和人才培养提供良好的硬件设施；一流仪器设备的添置与功能的开发并重，室内分析实验室与野外观测研究站建设相结合，促进高水平成果的产出。